Συνεχείς είναι οι βραβεύσεις που αποσπά το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Μετεώρων και Μουσείο Μανιταριών σε διάφορους διαγωνισμούς που συμμετέχει. Μόνο το 2023 έλαβε μέρος σε έξι διαγωνιστικές διαδικασίες και έλαβε συνολικά δεκαοκτώ βραβεία! Τα βραβεία αυτά αφορούν, είτε το Μουσείο συνολικά, είτε τις δραστηριότητές του, όπως το Κυνήγι Τρούφας στα Μετέωρα, είτε τα προϊόντα μανιταριών που διαθέτει. Εξ αυτών ένα είναι PLATINUM, δέκα GOLD, πέντε SILVER και δύο BRONZE.
Το γεγονός δε, ότι στα εννέα χρόνια της λειτουργίας του έχει λάβει συνολικά εξήντα τέσσερα βραβεία, το καθιστά ίσως το πιο πολυβραβευμένο μουσείο της Ελλάδας.
Δεν είναι τυχαίο εξάλλου, ότι παρά το ότι ξεκίνησε τη λειτουργία του μέσα στην οικονομική κρίση, παρά το ότι πρόκειται για ένα περιφερειακό μουσείο, η επισκεψιμότητά του συνεχώς αυξάνεται και οι δραστηριότητές του ελκύουν επισκέπτες από όλο τον κόσμο. Το διαδίκτυο δε, είναι στην προκειμένη περίπτωση, αδιάψευστος κριτής, αφού η συντριπτική πλειοψηφία των κριτικών από τους επισκέπτες του είναι εξαιρετικές.
Όπως δε χαρακτηριστικά δηλώνει ο Διευθυντής του Μουσείου, κος Νίκος Πάλλας, «Οι βραβεύσεις αυτές, αυξάνουν τις ευθύνες μας για προσφορά ποιοτικών υπηρεσιών, οι οποίες ταυτόχρονα εμπλουτίζουν το τοπικό τουριστικό προϊόν και αναδεικνύουν τα συγκριτικά του πλεονεκτήματα».