Οι αρμοδιότητες καταλαμβάνουν αυτοτελώς την έκδοση διοικητικών πράξεων, καθώς και παράλληλη με τον Υπουργό, νομοθετική πρωτοβουλία και κοινοβουλευτικό έλεγχο.
Ο Υπουργός διατηρεί την αρμοδιότητα για τη διερεύνηση των αιτιών του πρόσφατου σιδηροδρομικού δυστυχήματος.