Γνώρισε τιμές και δόξες και στους διαδρόμους και τα ψηλοτάβανα δωμάτια του γράφτηκε ιστορία.
Το 1983 τυπώθηκε σε χαρτονόμισμα αξίας των 500 δραχμών δίπλα στον πρώτο κυβερνήτη της Ελλάδας, για να θυμίζει τη γενέτειρα του και το σπίτι που γεννήθηκε. Ο λόγος για το αρχοντικό του Ιωάννη Καποδίστρια, γνωστό ως μέγαρο Καποδίστρια, που έχει τη σημερινή του μορφή, από το 1832, έναν χρόνο μετά το θάνατο του πρώτου κυβερνήτη της Ελλάδας.
Χτίστηκε περί το 1832 στη θέση του παλαιότερου αρχοντικού της οικογένειας. Φέρει την αρχιτεκτονική σφραγίδα, του γνωστού τότε σε όλο το δυτικό κόσμο, Κερκυραίου αρχιτέκτονα Ιωάννη Χρόνη, ο οποίος ήταν και στενός φίλος του Ιωάννη Καποδίστρια.
Βρίσκεται σε μία «νευραλγική» θέση της Παλιάς Πόλης, πάνω περιμετρικό μέτωπο Σπιανάδας - Μουράγιων – Λιμανιού, στην αρχή της οδού Μητροπολίτου Aρσενίου, στην περιοχή Μουράγια, σε απόσταση αναπνοής από τα ανάκτορα των Αγίων Μιχαήλ και Γεωργίου, με θέα το Παλιό Φρούριο, το Φαληράκι και το απέραντο γαλάζιο του Ιονίου.
Πρόκειται για ένα πανύψηλο πέτρινο επιβλητικό κτίριο, «κομμάτι» του τρισδιάστατου ισορροπημένου, οικοδομικού συμπλέγματος της περιοχής, με νεοκλασικά χαρακτηριστικά και στοιχεία του όψιμου αθηναϊκού αστικού κλασικισμού.
Τη σύνθεση της επιβλητικής πρόσοψής του πλαισιώνουν μαρμάρινοι κίονες με κορινθιακό κιονόκρανο που «υποβαστάζουν» τα επικαθήμενα σ΄ αυτό επιστύλια της οροφής του οικοδομήματος, ενώ οι τοίχοι στολίζονται από πέτρινα στεφάνια.
Όλο το κτίσμα έχει μνημειακό κλασικιστικό χαρακτήρα.
Το μέγαρο του Καποδίστρια χτίστηκε στα χρόνια της βρετανικής «προστασίας» του νησιού, από τον μικρότερο αδερφό του Ιωάννη Καποδίστρια, Γεώργιο.
Το ακίνητο περιήλθε στην ιδιοκτησία του Δημοσίου και χρησίμευε ως έδρα του Προέδρου της Ιονίου Γερουσίας. Tο 1864, μετά την Ένωση της Επτανήσου με την Ελλάδα, λειτούργησε ως Νομαρχία της Κέρκυρας, ενώ από το 1979 στεγάστηκε αρχικά το ΚΕΜΕΔΙ και αργότερα το Τμήμα Μετάφρασης και Διερμηνείας του Iονίου Πανεπιστήμιου.
Μπορεί σήμερα τα ξύλινα παραθυρόφυλλα του να έχουν «φαγωθεί» από τη θαλάσσια αύρα που φέρνει ο άνεμος, όμως κλείνουν μέσα τους σπουδαία γεγονότα που σημάδεψαν για πάντα αυτόν τον τόπο, κάνοντας το Μέγαρο Καποδίστρια όχι μόνο ένα μοναδικό αρχιτεκτονικό κομψοτέχνημα, αλλά και μνημείο της ιστορίας της Κέρκυρας.